◆従業員に対する健康診断は会社の義務です！

労働安全衛生法66条では、
「事業者は、労働者に対し医師による健康診断を行わなければならず、
労働者は、事業者が行う健康診断を受けなければならない」とあります。
こうした健康診断の受診費用は、通常必要と認められる範囲を超えるものを除き、
会社の福利厚生費として、税務上も扱われます。

なお、役員は厳密には労働安全衛生法の対象者ではありませんが、
健康管理義務がないわけではないので健康診断を受診してもらうことで、
実務上のリスクを下げることができるため、同様に会社の福利厚生費となります。

ただし、受診費用の会社負担対象者が役員や特定の地位にある者だけとされている場合には、
その者に対しての給与として課税されます。
つまり源泉徴収を行う必要も生じます。
さらに、役員の場合、定期同額給与に該当しない給与（賞与）として
損金不算入として扱われます。

◆役員・使用人の配偶者の健診費用会社負担があったら？

では、会社が役員または使用人の配偶者分の健診費用を負担している場合はどうなるでしょうか？
もちろん、その役員または使用人の給与（経済的利益の供与）として扱われます。
課税扱いとなる理由は、会社は法律上その配偶者の健康診断の実施義務を負っているわけではないためです。

◆健診費用の消費税での課税仕入れ不課税

会社の福利厚生費として扱われる健診費用は、自由診療に該当し、
消費税は課税仕入れとして扱います。

一方、給与扱いとなってしまった場合には、消費税の計算においては不課税となります。
領収書に消費税額の記載があるからと言って、課税仕入れとして扱ってはならないのです。
ひっかからないように気をつけましょう。